自然资源部南海局是自然资源部设在广州的南海区海洋行政管理机构。南海局拥有海洋水文、化学、地质、气象、生物、遥测浮标、海洋计量检定、海洋环境质量评价、海洋信息服务等专业队伍及先进的仪器设备，拥有遍布南海三省（区）沿海的观测站网和遥测海洋环境数据浮标网。有装备比较先进的远洋考察船。

南海局机关部门

1、办公室

2、海洋自然资源管理处

3、海域海岛管理处（海洋国土空间规划处）

4、海洋生态修复处

5、海洋自然资源调查与科技处

6、海洋预警监测处

7、海洋督察室

8、安全生产处（船舶管理处）

9、财务与资产管理处

10、人事处

11、离退休办公室

12、机关党委办公室

13、机关纪委办公室

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